جلد یکم تا سوم دانشنامه امام علی (ع) ویژه مباحث اندیشه ای و عقیدتی است و در آن از حکمت و معرفت و کلام و الهیات سخن می رود. در این مباحث کوشیده شده است تا آموزه های گرانسنگ علوی در میزان خرد نهاده و تجزیه و تحلیل شود. این رویکرد سوگمندانه چندان متعارف نیست و معمولا با رویکرد فقهی به روایات امام علی (ع) نگریسته می شود. حاصل این که هر اندازه که روایات فقهی آن حضرت بررسیده و کاویده شده، روایات اعتقادی و فکری ایشان بکر مانده و کارنامه پژوهش های اعتقادی - روایی کم برگ و بار است.

پیش فرض این پژوهش که سپس ثابت شد، آن بود که می توان از احادیث امام علی (ع) معرفت شناسی و جهان بینی و عقاید دینی را، به گونه ای خردپسند، استنباط کرد و به پرسش ها و شبه های عصری پرداخت. این مدعا نه تنها غریب نمی نماید، که خلاف آن غریب است. همان گونه که ابن ابی الحدید می گوید: و اما الحکمه و البحث فی الامور الاهیه فلم یکن من فن احدمن العرب... و اول من خاص فیه من العرب علی علیه السلام.

حکمت و معرفت، که واژه های پر بسامد در روایات علی (ع) است، عنوان جلد نخست دانشنامه و عهده دار تامل در منابع و ابزارهای شناخت است. در این جلد، از گونه های معرفت، چون عقل و معرفت عقلی و وحی و معرفت وحیانی، شناخت قرآن و روش تفسیر آن، شناخت خلقت و هستی و ارتباط دین و دنیا سخن رفته است.