مجموعه 18جلدی یادداشت های استاد شهید مرتضی مطهری در دو بخش حروف الفبایی و موضوعی و مشتمل بر مطالب گوناگونی است که از نظر اختصار و طولانی بودن مختلفند، به طوری که گاه در حد فیش‌برداری است و اجمالأ به مطلبی اشاره شده است و گاه به صورت یک مقاله است. در مجموع، این یادداشت‌ها راهنمای مفیدی برای پژوهشگرانی است که در صدد پژوهش در حوزه‌های مختلف مطالعات اسلامی هستند.

مجلدات 1 تا 7 به یادداشت های الفبایی اختصاص دارد و از جلد 8 به بعد یادداشت‌های موضوعی را تشکیل می‌دهد که درباره مباحثی همچون توحید، اسلام، قرآن، سیره نبوی، امامت، فطرت، اخلاق، عرفان و ... بحث شده است.

گزیده کتاب یادداشت های استاد مطهری (جلد دوم)

از قدیم معمول بوده است که گروه‌هایی که با یکدیگر به جنگ می‏‌پرداخته اند هرکدام پرچم مخصوص به خود داشته‌‏اند و در زیر آن گرد می‌‏آمده‏‌اند. پرچم رمز بقا و استقلال و مقاومت آن ها به شمار می‏‌آمده است. برافراشته بودن آن دلیل حیات جمعی آن ها بوده است و افتادن و خوابیدن آن علامت شکست آن ها بوده است. دلیر و دلاورترین آن ها نامزد به دست گرفتن پرچم بوده است، گردان و دلاوران دور او را می‏‌گرفتند که برافراشته بماند. برعکس، دشمن کوشش می‌‏کرد که پرچم را بخواباند. پرچم، مقدس و محترم بود. امروز نیز پرچم رمز استقلال و وحدت و شخصیت مستقل ملت ها و کشورهاست. هر کشوری از خود پرچم و علامتی دارد و آن را مقدس می‌‏شمارد و احیانا به آن سوگند می‌‏خورد.

امیرالمؤمنین می‌‏فرماید: «کعبه پرچم اسلام است» یعنی همان‌طوری که پرچم‌ها رمز اتحاد و یگانگی جمعیت‌ها و نشانه همبستگی آنهاست و برپا بودن آن علامت حیات آنهاست، کعبه برای اسلام اینچنین است. در حدیث دیگری وارد شده: «لایزال الدین قائما ما قامت الکعبة» مادام که کعبه بپاست اسلام بپاست، یعنی مادام که حج زنده و باقی است اسلام زنده و باقی است. کعبه پرچم مقدس اسلام است، رمز وحدت و استقلال مسلمین است.